重商主義とは金銀の蓄積（重金主義）や貿易産業の保護育成（貿易差額主義）により、国を大きくしていこうという考え方です。それに対して資本主義というのは、民間の産業活動をさかんにして国を潤そうという考え方です。

つまり資本主義は自由な経済活動が前提になっているので、とりわけ後期に主流になった、国が産業を統制する貿易差額主義とは水と油の関係になります。

水と油といっても、重商主義は資本主義の下地となった側面は否めません。というのも、イギリスは重商主義（貿易差額主義）を推し進め、富を蓄積させることにより、資本家※を誕生させました。そして産業革命以降、「資本家と労働者階級」という関係が確立されたことで、資本主義が世の中の主流になっていった・・・という流れがあるからです。